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新疆畜牧科学院兽医研究所动物疫病室以牛、羊、猪以及其它经济动物常见疫病的病原学、流行病学、诊断、防制为主要研究对象，研制和开发相应的诊断技术和方法、防治药物和制剂以及综合防制技术措施；引进和推广国内外先进的动物疫病诊断、防制技术；承担各地动物疫病防制的技术培训、养殖场和个体户家畜疫病防制技术咨询和技术服务。
近五年来，该研究室曾先后承担和完成了国家科技攻关项目、自治区自然科学基金项目、自治区科技攻关项目、农业部948项目、自治区农业先进技术推广项目各一项；获得农业部科技进步奖、自治区科技进步奖各一项；待验收、鉴定项目2项。在上述研究中，建立了我国山羊关节炎--脑炎的诊断技术方法和防治技术措施；研制出了绵羊胃肠道寄生虫病诊断盒和防治绵羊体内外寄生虫病的阿维菌素长效缓释油胶制剂；引进和开发了用于放牧牛羊胃肠道寄生虫病生物防治的嗜线虫真菌制剂。
该研究室有研究员一人，副研究员2人，高级实验师一人；目前承担着自治区高技术研究发展计划项目一项，中丹（麦）政府间科技合作项目一项。
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