新疆畜牧科学院饲料研究所是根据新机改办字[1997]65号文件，以新疆畜牧科学院下属的原中澳绵羊中心营养室、畜牧研究所营养室和草原研究所饲料分析室为基础，于1998年合并成立的。全所现有21人（ 高级职称4人，中级11人，3人获硕士学位，两人获博士学位，一人就读博士后。）。现有饲料分析室和瘤胃微生物两个实验室，拥有仪器设备３３台（套），仪器设备总价值约人民币１５０万元。大部分仪器是于1991年至1996年中澳绵羊合作研究项目期间由澳大利亚、美国、瑞典等国提供的最新机型。
      饲料研究所的研究人员均具有扎实的动物营养专业理论知识和熟练的实验操作技能，主要研究领域涉及反刍家畜粗饲料利用、蛋白质营养及其瘤胃微生物学、家畜饲养管理和育肥技术等。并广泛开展有关畜禽饲养管理、饲料加工调制（氨化、青贮、微贮、黄贮）、饲料配方设计、饲料评价试验设计及实施等诸多方面对外技术服务和培训。饲料研究所添加剂厂所生产的系列矿物元素预混料，是新疆维吾尔自治区新技术产品、国家技术监督局认可产品，并荣获全国新技术、新产品博览会银质奖。该厂的主要生产的产品有：奶牛微量元素预混料、奶牛复合预混料、牛、羊微量元素预混料，对减少疾病和提高免疫力都有显著疗效 。
      饲料研究所的部分研究人员已承担完成的研究和推广课题有：“中国美利奴羊饲养标准”（农业部科技进步二等奖）；“绵羊育肥新技术”（自治区科技进步三等奖）；中澳合作绵羊营养研究“8454”和“8555”项目；“矿物质添加剂的研制”（自治区科技进步三等奖）；“中国西北、东北地区反刍动物矿物营养研究”（自治区科技进步四等奖）；中澳政府绵羊合作研究项目营养研究课题等。目前已结题和正在开展的研究课题有：新疆自然基金项目“对纤维分解细菌梭状芽孢杆菌的研究”；自治区科技厅“新疆育肥羊优化饲料配方筛选”，农业部丰收计划“反刍动物精料补充料与可控添加剂应用技术”、自治区农办“纤维素酶反刍动物育肥生产中的应用”、“优质环保型饲料添加剂中试基地建设”、“新疆毛驴综合开发利用”。在研项目有：自治区科技兴新项目“高效绿色猪肉生产技术推广示范”、 自治区科技攻关项目“肉乳兼用驴繁育与饲养技术开发和示范”、科技支疆项目“新疆农副产品废渣生物发酵技术研究与应用”、 国家“第一次全国污染源普查”项目。另外，实验室检测人员承担了我院及有关科研、教学、生产单位的研究、推广课题的饲料、牧草、肉食和土壤等分析测定工作，其中有两人从事检测工作15年以上。
      饲料研究所的仪器设备可广泛用于动物的营养学研究、微生物学、食品及饲料质量检测等诸多方面。目前，饲料研究所实验室主要开展饲料营养成分的分析测定工作，检测项目包括：总能、水分、粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪、粗灰分、钙、总磷、水溶性氯化物、砂分、棉酚和微量元素（铁、铜、锌、镁、钴）。检测项目均严格执行国家标准，检测人员定期进行基础理论和实际操作的培训和考核。同时，制定并严格实施质量管理、仪器设备管理、安全条例、资料管理和日常工作管理等制度，以确保为用户提供优质服务。实验室已通过了自治区技术监督局的计量认证。